当雇员在日本公司加班时，公司必须按照《劳动基准法》的规定向雇员支付加班费。

具体而言，如果雇员的工作时间超过了法定工作时间，公司需支付正常工资1.25倍的加班费（深夜工作则需支付正常工资1.5倍）。

许多经营者都面临着这样的挑战：企业的发展增加了员工的工作量，导致员工加班，但经营者想避免支付加班费或减少加班费的发生。

如果在不违反《劳动基准法》的前提下解决这一问题，将会对企业经营产生积极影响。

另一方面，如果公司持续非法不支付加班费，公司的雇员或前雇员会就公司不支付加班费的问题咨询劳动标准监察局，或利用劳动仲裁或诉讼等法律程序要求公司支付未支付的加班费。

在这种情况下，公司最终将不得不支付未支付的加班费，公司在日本的信誉将受到损害。

因此，有必要在加班费纠纷发生之前，在公司内基于法律法规对相关规定进行整理。